董卓终于被除掉了，大汉的国家该恢复正常秩序了。对于除掉董卓的意义，年纪幼小的汉献帝并没有充分意识到，但是对于大汉国家来讲，实实在在是个历史机遇，因为让天下群雄们同仇敌忾气愤难平的董卓没了，众矢之的的目标也就没了，大家都没有再闹下去的理由了，可以坐下来商谈了，尽管地方军阀势力已经形成，再让他们达成一致没那么容易，但总归是有了一个达成一致的基础了。但是这个机会却让王允给丢掉了。
问题出在哪里呢？就出在对董卓的亲信和他的嫡系部队凉州兵的处理。此前大汉王朝的主要问题是什么？是失去了中央的权威，不管是董卓造成的还是谁造成的，总之结症后果是失去了权威性，故而形成各自为政，国家大乱。那么对症下药，就该首先寻求统一性，王允也是这么想的，但是方法顺序出了问题。当前最要紧的是沟通关东诸侯，把他们聚在一起开个善后会议，充分表达各方意见，然后寻找一个平衡点，达到相对的统一，到那时大家见了面，把事情全部说开，恐怕除了可以讨价还价的一些具体问题，没有谁敢冒天下知大不讳。但是王允觉得，关东诸侯大部分都是袁家或者何进故吏，而且之前的目标都是针对董卓，基本上都属于自己一个战壕里的战友，有事好商量，因此他对于关东只是派出了段训前往沟通，并把希望寄托在刘虞身上，而自己把主要精力放在了处置董卓的亲信和他的嫡系部队上，认为处理好这些问题，安顿好关中，然后再招呼关东的老哥们，那就天下大局已定。这样想也不是没有道理，因此之后的事情也怪不得王允，只是人算不如天算，结果出了问题。其实董卓的那些凉州兵，已经失去核心领袖，群龙无首，还能闹出什么幺蛾子，但是王允出于对董卓的心结，自然而然首先陷入到这方面。
虽然已经公布只除首恶，从犯不究，但是王允还是想要削夺掉董卓的凉州兵将领的兵权，进而取缔掉凉州兵，或者将他们打散，分配到关东诸侯那里由他们去控制。有人对王允提建议说：“凉州兵素来害怕袁绍，畏惧关东兵，而今，如果派关东兵去解散他们，凉州兵人人都会担心性命不保，这样，很容易引起兵变和混乱。还不如任命素来征战在凉州的皇甫嵩去担任凉州兵的统帅，并让他长期留在那儿，以便安抚军心。”王允坚决反对说：“这样绝对不行，关东兵是反董卓的义兵，与我们是同一条路线，现在董卓已死，如果继续把凉州兵屯驻在这么重要险峻的地方，虽然安抚了凉州兵，但是关东兵将领会疑心我们。”
王允想削夺凉州将领兵权和解散凉州兵的风声传出后，经过传言就走了样。传言这东西，经过两人之口就会失去本意，人们不明就里，往往加上自己的猜测，再传给别人，传来传去，哪些是真实的本意，哪些是附会的谣言，谁还分得清楚？后来凉州人到处说，王允要杀掉所有凉州人，一时之间，整个凉州人心惶惶，一片惊慌。其中有些话让听者不得不相信，比如有人说，蔡邕只不过感念董卓的一点厚遇而已，王允便不分青红皂白地把他杀了，那么对于我们这些紧跟董卓的人，他会客气吗？作为凉州人，这话谁听了不信呢？凉州兵将领本来就对自己的前途深感忧虑，听了这些话便如惊弓之鸟。身在长安附近的将领们还好，能够亲自或派人去打听，还能了解一些确切的消息，身在外地的将军们就云里雾里不知所措了。
此时领兵在外的最大一支就是李傕、郭汜，其中李傕是主帅，郭汜是副将，之前受命进击河东，后来又追击到河南讨伐朱儁。李傕、郭汜听到董卓被王允、吕布等人杀了，又听到王允要处置凉州兵的传言，感觉这下完了，王允自不必说，就是吕布之前也与他俩多有不合，这还能有好果子吃吗？两人思来想去，没有对策，打算干脆就地解散军队，逃回老家赋闲去算了。此时贾诩被董卓派在李傕、郭汜部队当高参，听说两人打算解散军队逃跑，立刻出面进行阻止。贾诩说：“听闻长安城中正在商议着如何处置凉州兵，你们若抛弃属众独行，一个小小亭长就能把你们抓住。不如带领部队向西，沿途再收敛士兵，进攻长安，为董公报仇，如果能够幸运成功，那就入主朝廷奉天子而号令天下，如果不能成功，那时候再逃跑也不迟。”李傕、郭汜听了，顿开茅塞，觉得很有道理，于是收起逃跑之心，开始四处联络。此时凉州诸将里，张济、樊稠也都各自领兵在外，心态和他们两人一样，也有散军逃跑的意思，接到李傕、郭汜联络，听了贾诩的建议打算，遂不再逃跑，引军前来会合，大家商议后，决定共尊董卓的女婿牛辅为帅，李傕为副。这一下力量不小了，李傕开始动员，按照贾诩所说的意思，对士兵们说：“王允不打算给我们好果子吃，没法活了，与其这样，不如一同打回长安，干掉那个老贼，假如成功，我们就安稳了，假如不成功，长安城里有得是财宝，我们抢足了就逃跑，下半辈子也够了。”西凉兵听了这话，群起拥护，一时间众志成城。
此时，董卓的一班大将，李儒、徐荣、胡轸、杨定、等人都在长安或者附近，通过联系投靠了吕布，只有牛辅正在犹豫不决，因为李傕、郭汜这部分部队，其实牛辅是主帅，本来征讨河东和朱儁都该他来率领，但是他因为上次和白波军作战失败，不愿意再和他们对阵，就派了李傕、郭汜前往，而他自己则坐镇在安邑。正在犹豫间，李傕来信，告诉了他们的企图，并且说大家已经公推他牛辅为帅，牛辅遂不再犹豫，欣然领受，发表声明，声讨王允、吕布。
王允一看凉州兵果然反了，他不认为是自己的行为导致，而是认为自己有先见之明，先前的处理西凉兵的想法是对的。于是找吕布商议，吕布当即派胡轸、徐荣、李肃率军前往讨伐，首先就近攻击安邑的牛辅。牛辅的主力部队都被李傕、郭汜带走了，身边没有多少兵，看到安邑根本守不住，就带了金银珠宝，于半夜带领亲信勇将胡车儿等五六个人逾城而逃。这胡车儿力大无穷，善于奔跑，据说一昼夜能跑出好几百里。胡车儿等人以绳索系在牛辅腰间，将其从城头放下，但是在离地面数丈高的地方绳子忽然意外松开了，把牛辅摔成重伤，胡车儿等人见牛辅这样了，贪图他所带的财宝，索性将牛辅杀死，抢了财宝投奔张济而去，牛辅的尸体被朝廷派驻在安邑辅助牛辅的董承发现，割下首级，并通知了胡轸、徐荣、李肃等人，送往了长安。胡轸、徐荣、李肃掉头继续去进攻李傕等人。李傕等人带领的是西凉兵主力，又被李傕动员得士气旺盛，一战就将胡轸、徐荣、李肃打败，徐荣战死，胡轸和李肃不知所踪，也不知道是在乱军中战死了，还是因为全军覆没没脸回长安而逃跑了。李傕等人乘胜前进，沿途又不断收集凉州各部残兵，到达长安时竟然已达到十余万部队。李儒见到了这种情况，害怕事情闹大，就悄悄逃跑，不知所踪。至此，董卓的原大将只剩下吕布、杨定，而杨定也不再城中，而是驻守在城外。
吕布见叛军人多势众，声势浩大，赶紧动员所有部队依长安城布防，他自己亲自带领核心部队原并州兵出城迎战。吕布骑赤兔马，手持大铁戟，一马当先，向叛军发起冲锋，打算一鼓作气将叛军击垮。跟随吕布的高顺、张辽等八将也都是勇猛的战将，并州兵多年跟随吕布，人心齐而且训练有素，一个冲锋就像水中的快艇劈波斩浪，将叛军队伍冲开。但是李傕、郭汜、张济、樊稠多年跟随董卓征战，大小阵战见过无数，都不是吃素的，再加上人多势众，虽然被冲开，却并没有崩溃，一阵慌乱之后，整顿队伍发动反击，吕布的兵马毕竟少，一共才一万多人，反被叛军队伍包围。李傕、郭汜、张济、樊稠指挥各部向心压迫，长矛兵、长刀兵列阵齐进，弓弩兵万箭齐发，吕布、高顺、张辽等先发的冲击力已经失效，形势至此，再勇猛也无济于事，身边的士兵一个个倒下，转眼之间，已经损失过半。张辽一看这样不行，就对吕布说：“撤吧，要不然就全军覆没了。”吕布一看，哪还有退路，已经被叛军团团包围了。高顺说：“这样吧，叛军的注意力都在长安城，防止我们突围返回，我们就集合一下所剩部队，往别的方向来一个集团冲锋，还是有可能冲出去的。”事已至此，吕布也没别的办法，就按高顺的意见下令，众将抖擞精神，集合起全部队伍，迎着箭雨，舍生忘死一个猛冲，果然突破了包围，但是回到长安城已经不可能了，只好率队往相反的关东方向落荒而去。
王允闻报吕布队伍垮了，人也跑了，这才慌了手脚，亲自来到城墙上指挥防守。
此时天已近黄昏，汉献帝听说了情况，也摆了銮驾来到城墙上，见了王允问道：“爱卿啊，情况怎么样？”王允说：“陛下放心，有微臣在，没什么大不了的。”此时，叛军点起火把，只见整个长安城四周，一片火把汪洋。汉献帝哪见过这么大场面，不由得胆战心惊，问王允：“他们要干什么？”王允恨恨地说：“他们是一群混账，要为贼子董卓报仇，陛下莫急，臣来对付他们。”王允遂对城下高喊：“叫李傕来见我。”
不大一会儿，李傕、郭汜等人来到城墙下，王允指着他们大骂：“无知无德的小人，董卓悖君逆臣，横行朝中，把持朝政，滥杀好人，冤枉无辜。袁绍他们反对董卓，和袁太傅有什么关系？董卓竟然把这个德高望重的朝廷首辅给杀了。就算和袁绍有关，那么张温这个名臣有什么罪？董卓竟然胡扯什么他和袁术勾连，被活活鞭死，世上还有没有天理？董卓老贼还迁动洛阳全城百姓，弄得多少人家流离失所，他还破坏五铢钱，弄那个不足分量的大钱，搞得物价飞涨，民不聊生。他还盗掘皇家陵墓，纵兵祸害百姓。总之，他的罪恶罄竹难书，这样的人，你们居然要为他报仇，这不是谋反吗？”
李傕在下面大喊：“董丞相一心一意为国操劳，就算有什么不周到的地方，也该朝堂上理论，就算犯了法，也要按律例处置，怎么能那样杀了他呢？王允老贼，你置国法于不顾，你才是当今最大奸贼。”
这时候哪是说理的时候，汉献帝见李傕等人毫无缓和之意，就从城墙上探出头去，对着下面喊：“李爱卿，你们到底要怎样？”王允也对着下面高喊：“皇上驾到。”下面的兵丁听说皇上来了，一辈子也没看见过皇上什么样，纷纷往前拥挤，队伍一下子失去了秩序，最前面的士兵就着城墙上的火把看清了皇上的模样，一个个跪倒在地，齐呼：“万岁，万岁，万万岁。”李傕、郭汜等人见皇上一出来，这些士兵立刻变成这个样子，知道对皇上万万不能失礼，于是高声说：“陛下，恕臣等甲胄在身，不能行参拜大礼。我等只拿王允老贼一人问罪，概不牵涉别人，倘或惊扰圣驾，还望陛下原谅，但是不除老贼誓不罢休，倘若动起手来，兵荒马乱，万一陛下有什么闪失，也怨不得臣等。”
王允见李傕这么说，知道今天的事情是过不去了，李傕的话不能当耳旁风，这些莽汉武夫，倘或真的下令攻城，乱军之中皇上有个三长两短也并非全无可能，如今只有舍得自己一人，才能保全皇上陛下。王允感到自己为国尽忠的时刻到了，人生自古谁无死，留取丹心照汗青。王允遂对汉献帝说：“他们只恨老臣一人，老臣去面对他们就是了，陛下多多保重。”汉献帝阻拦说：“爱卿，慢慢商量，办法总会有的。”王允心想，哪还有什么办法，这帮如狼似虎的家伙，油盐不进，听不进半点道理，王允已经看出来了，他们不杀掉自己誓不罢休。于是王允对着城下高喊：“贼子们听好了，你们要是还承认自己是大汉之臣，要是还有那么一点点良心，就要保全陛下，不得祸害京城百姓，王允虽死而不足惜。”说着，纵深跳下城墙。那长安城的城墙堪称巍峨宏伟，高有好几丈高，从那上面跳下去，结果可想而知，王允当场一命呜呼。
王允一死，李傕等拥兵进入城中，把参与除掉董卓的黄琬等人全部抓获处死，一时间京城腥风血雨。除掉他们之后，李傕等人上表汉献帝，以除贼有功为名，要汉献帝予以加官进爵。此刻长安城就在他们掌控之下，年纪仅仅十一岁的汉献帝能怎么样，于是只得加封李傕为扬武将军，郭汜为扬烈将军，张济、樊稠等皆为中郎将。十几万大军全都挤在京城，那还好得了，这其中有很多人是奔着发财跟随李傕他们来的，如今没得着什么，就私下里乱拿乱抢，搞得长安城乌烟瘴气。
不久，李傕等人又再次上表请功，汉献帝不得不晋封李傕为车骑将军、开府、领司隶校尉、假节、池阳侯，晋封郭汜为后将军、美阳侯，晋封樊稠为右将军、万年侯。张济则不愿意看到这么多兵都挤在京城，再加上长安城也需要从外护佑，于是自请为镇东将军，并受封平阳侯，领兵外出屯驻到弘农，镇守长安门户。贾诩被晋升为三辅长官之一左冯翊，李傕等认为贾诩功大，议论要上表封其为侯，贾诩很有自知之明，说：“我出的只不过是保命的计谋，哪能算什么功劳？”于是坚决不受，李傕等又想让贾诩当尚书仆射，贾诩说：“尚书仆射是仅次于尚书令的百官师长，是天下的榜样，我贾诩一向没有什么名望，难以服人，就算我可以贪享虚荣，可对国家能有什么好处？”又不受，于是改拜贾诩为尚书台尚书，掌管选拔人才。
张济选择跑出去躲清闲是对的，不久，李傕、郭汜、樊稠三人就为了长安城内的势力范围争了起来，互不相让，最后在太尉杨彪和司空荀爽劝慰下，三人经过谈判，把长安城按照兵多兵少划分为不等的三块，各自圈定了势力范围，李傕兵最多，占据了大部，郭汜次之，樊稠的地盘最小。三个人都成了上将军，又瓜分了长安的地盘，从此耀武扬威，特别是李傕，官拜仅次于大将军和骠骑将军的车骑将军，而且当了权力特殊的司隶校尉，还开府、假节，因此基本上把持了朝政，什么事情他都要插一杠子，而且只要是他参与的事情，就得他说了算。但是李傕、郭汜、樊稠这些武夫，哪懂得什么朝政，虽然此时的朝廷仅仅龟缩在关中一隅，但是毕竟还是朝廷，日常工作还得开展，于是汉献帝拜当时仅存的名士、与蔡邕一起撰写《东观汉记》的马日磾为太傅，录尚书事，担当起了朝政工作，又拜侍中赵温为司徒，顶替王允，和太尉杨彪一起，总算把朝廷又撑起来了。
此时关东诸侯在忙活什么呢？各忙活各的。袁绍不用说了，正忙着和公孙瓒对垒，别的什么也顾不上，董卓被杀了，他本该关心中央朝廷怎么办，倘若袁绍此时能到长安去，和王允联手，磋商下一步，想必大汉王朝将是另一种状况，恢复中兴不是没有可能，沮授给他的规划不就是先谋求占据北方，积攒够实力后迎奉汉献帝吗？此时出现了这样的变故，就用不着先谋求占据北方积攒实力了，直接奔长安不就得了。但是袁绍根本顾不上，他已经陷入和公孙瓒的争夺拔不出来了。后来李傕等人反攻长安，袁绍也还是顾不上，从而浪费了大好时光。
那么实力最强的袁术呢？他本来是想代替刘虞主持迎奉汉献帝东归洛阳这件事的，以此来号令诸侯，谋求称霸天下，进而再谋求怎么样取而代之，但是计划被打乱了，因为被支持孙坚谋取豫州而耽误了，后来又发生了公孙瓒攻灭刘虞，这件事就算彻底完了。然后公孙瓒一直派人和他联络，要求他俩南北联手称霸天下，还说尊奉他为头。袁术觉得这个想法值得考虑，现在南方就数他实力最强，虽然后来冒出一个刘表，占据了荆襄九郡，但是比起他袁术还差得远，而北方除了袁绍则就数公孙瓒了。袁术对于袁绍比较矛盾，不管怎么说两人也是亲兄弟，但是这个袁绍总和自己尿不到一壶，也想不到一块儿，比如谋求袁家代汉这件事，袁绍根本就没这个意识，现在也没法跟他挑明，时机还不成熟，等到自己真正称雄于诸侯的时候，估计最终袁绍还是会倒向自己的。于是袁术就答应了公孙瓒的要求，至于公孙瓒是不是真心拥护自己，那将来看情况再说。于是袁术开始纵横阖闾，打算把南方统一起来，待到后来发生董卓被杀，袁术也顾不上了。再后来李傕、郭汜等人反攻长安，王允又被杀，朝廷搞得一团糟，袁术更觉得大汉气数已尽，他已经一门心思谋求如何称帝了，哪还管什么朝廷不朝廷。
袁术并不是窝囊废，相当有战略眼光，当时孙坚在他的谋划下打败周昕站稳了豫州后，袁术就开始大手笔整合，一面让孙坚的大舅哥吴景和侄子孙贲在扬州攻城略地，去和周昕、王朗们争夺扬州，一面联络刘表，打算把扬州、荆州、豫州连为一体，然后再联络徐州的陶谦、兖州的刘岱，这样整个东南半壁就是他的天下了，公孙瓒再在北方配合，到那时不愁袁绍不低头，等袁绍一低头，那么关中的朝廷算什么呢，取而代之顺理成章。
袁术的谋划不可谓不宏伟，也确实具有可操作性，但是不料刚一出手就在刘表那里碰了个软钉子。
刘表比起刘岱、袁绍、张邈他们外放得较晚，是在荆州刺史王叡被孙坚杀了后被董卓发表继任的。王叡被杀之后，荆州群龙无首，各地豪强纷纷纷纷割据一方，比如苏代占据了孙坚走后的长沙，贝羽占据了华容县，各据民兵于当地称霸，各地都有势力聚为宗贼，袁术又屯兵于鲁阳，手下拥有南阳之众和孙坚，正在和董卓开战，因此导致刘表无法直接上任，于是他匿名独身赴荆州，到荆州后，入宜城联络延中庐县人蒯良、蒯越及襄阳人蔡瑁等共谋大略。刘表问：“此间宗贼甚盛，群众不附，祸事如今已至了啊！我想先在这里征兵，构建实力，但是怕得不到拥护和响应，不能顺利募集，诸位有何对策呢？”蒯良说：“群众不附的原因，是出于仁的不足，群众附而不能兴治的原因，是出于义的不足；如果仁义之道能行，那百姓来归就如水势之向下，何必担忧来者之不从而要问兴兵之策呢？”刘表又问蒯越，蒯越说：“治平者以仁义为先，治乱者以权谋为先。兵不在多，在能得其人。苏代、贝羽皆一勇之武夫，不足为虑。众宗贼首领多贪暴，为其属下所忧。我结交了一批有修养的人，若派他们去示之以利，众宗贼首领必定持众而来，您就诛杀其中的无道者，招抚他们的部众。如此一州之人，都乐于留守此州，得知您为人有德，必定扶老携弱而至。然后兵集众附，南据江陵，北守襄阳，荆州九郡可传檄而定。”刘表叹道：“子柔（蒯良字）之言，可以说是雍季之论。异度（蒯越字）之计，可以说是臼犯之谋。”便让蒯越派人诱请宗贼首领五十五人赴宴，并将他们全部斩杀，袭取了他们的部众。只有江夏贼张虎、陈生没来，他们拥众据守襄阳，刘表乃使蒯越与庞季单骑前往将其说降。这样，荆州各地的郡守县长听说刘表威名，大多都解下印绶逃走。至此，刘表控制了除袁术把持的南阳郡外的荆州八郡，理兵襄阳。
当时，关东各州郡群讨伐董卓，刘表却正忙于上任而不可能加入，待关东诸侯和董卓开战时，刘表不声不响在荆州八郡营造了一个相对中原比较安全的割据势力，于是许多州郡的士民在战乱中逃离的，大都选择前往荆州避难，其中就有后来帮助刘备成就大业的诸葛亮。诸葛亮于汉灵帝光和四年（181年）出生在琅琊郡阳都县的一个官吏之家，诸葛氏是琅琊的望族，先祖诸葛丰曾在西汉元帝时做过司隶校尉，诸葛亮的父亲诸葛珪在东汉末年做过泰山郡丞。诸葛亮三岁时母亲章氏病逝，八岁时又丧父，跟随被任命为豫章太守的叔父诸葛玄去赴任，后来朝廷因故撤了诸葛玄职，诸葛玄就投奔到荆州刘表那里，在隆中过起田园生活，所以诸葛亮一向自称躬耕于陇亩。此时的诸葛亮还是个小孩子。
刘表自己对于荆州的经营颇感得意。正在这时，袁术派人前来联络结盟，刘表对袁术的动机颇有怀疑，因为你身为纯粹军方人物，结盟地方长官干什么？好比现在一个军区司令，不经中央允许与省市地方拉关系，想干什么？一定是有所图谋。刘表这个人，身为“八及”之一，那名声不是白来的，颇具正义感，诸侯讨伐董卓，他虽然没来得及参加，但是内心是支持的，但是你袁术不好好讨伐董卓，却在地方上勾三搭四，这就不正常了。但是刘表又不想直接得罪袁术，因此就东拉西扯，就是不提结盟的事，袁术窝火窝大了，心中气恼不已，从此记恨刘表。
袁术第一步计划失败，并没有气馁，暂时抛开刘表，转而去联络徐州陶谦。陶谦是个四处都想买好的人，所有势力都想勾连，以期八面玲珑，立于不败之地。袁家四世三公，门生故吏遍天下，袁术本身又是大汉后将军位居上将之列，而且实力在目前来讲无人可比，如今主动示好，陶谦当然不会放过这个机会，当即应允。袁术大喜过望，徐州的成功，大大鼓舞了袁术，于是袁术又转而向北，去联络兖州的刘岱。如果再把兖州拿下，那么豫州、徐州、兖州连为一体，这是中国最核心地带，何愁不成就大业呢？
此时刘岱正在为曹操擅自占据东郡自称太守而发愁。东郡是兖州大郡，本来陈留太守张邈就基本上属于独立状态，针插不进水泼不进，东郡又被曹操占去，兖州成了什么样子？恰好袁术来联络，刘岱就向袁术诉说了自己的苦闷。袁术大为高兴，说明刘岱是求助的意思。有求就好办，袁术一口答应，帮他夺回东郡。这样，刘岱就倒向了袁术，袁术的战略构想实现了大半，徐州、豫州、兖州已经连为了一体。
但是袁术知道曹操的后台是袁绍，自己总不能赤膊上阵和袁绍闹掰了，于是就和刘岱商量，给他钱粮器械，充实他的力量，让他与曹操开战。刘岱得到袁术援助，实力大增，遂整顿兵马，与曹操开战。
曹操刚刚占据东郡不久，与黑山军战斗损失也不小，他的兵本来就不是很多，再加上钱粮收入有限，顿感压力，于是不得不又求助于袁绍。袁绍当然不能让自己的屁股后面出问题，于是在与公孙瓒紧张对峙的同时，咬牙拿出钱粮器械支援曹操，还给他补充了部队。这样，曹操才和刘岱打了个平手，也形成对峙状态。
刘岱去对付曹操，袁术则腾出功夫，开始考虑怎么对付刘表。看来这个刘表是敬酒不吃吃罚酒，好言好语不行，那就来硬的。袁术找到孙坚，对孙坚说：“当初你杀了荆州刺史王叡，这荆州就应该是你的，当时咱们忙于讨董卓没顾上，白白便宜了刘表。当下这朝廷，已经没人听他们的了，现在是谁拳头硬谁说了算，我们得把荆州抢回来，到时候荆州、豫州都交给你管。”
孙坚这个人，董卓都不再话下，何况刘表。于是按照袁术的意思，整顿兵马，杀奔荆州。
刘表一看孙坚杀来了，莫名其妙，但是鉴于他之前就和周昕争夺豫州，打得不亦乐乎，知道跟他讲不出什么道理，于是只得派大将黄祖统兵迎战。初平二年（191年），孙坚与黄祖大战于樊城、邓县一带。孙坚的战力是多次大战所证实了的，黄祖抵挡不住，被孙坚击败，只得退到州治襄阳，孙坚指挥大军，把襄阳团团围住。那年头没有重武器，一旦拒守坚城，轻易难以被攻破，因此两军形成对峙。但是刘表已经慌了手脚，寻思半天，给袁绍发去一封求救信，因为不管怎么说他是关东盟主，他不应该坐视不管。但是袁绍正对付公孙瓒，哪里腾得出手，于是给刘表发去一封安慰信，要他坚持住，并说自己正在想办法。虽然袁绍没说出什么办法，但是毕竟算是表示了支持，也给刘表心理上一定的鼓舞。这时候蒯良说，孙坚占了豫州时间不久，实力并不那么可怕，我们荆州地广人多，足以和他对抗，只不过初战大败，匆忙退守孤城，这样守下去不行，等到城里没了粮食，那可就真的危险了，当今之计，应该派人出城，到各地去集结军队，然后与襄阳城内现有部队内外夹击，不愁打不过孙坚。刘表认为他说得对，这才心里有了底，于是交代黄祖前去办这个事。黄祖带了几百个人的一支小部队，于天将黎明人们都在熟睡的时候偷偷出城，但是仍被孙军发现，当时孙坚正在睡觉，听到手下来报，说黄祖带了一小部分人趁隙溜了出去，立即顶盔贯甲，因为怕黄祖跑远，来不及调集大军，只带亲兵卫队追杀而去。
到了天明的时候，孙坚追上了黄祖，孙坚虽然勇猛，但是所带的卫队不如黄祖人多，所以一时难以取胜，但是孙坚并没把黄祖放在眼里，勇猛力战，黄祖只得且战且退。黄祖见孙坚人马并不多，但却执意追赶，于是寻思出一条脱身之计，分出百十个弓箭手，让他们到前面不远处的岘山埋伏，然后手执大刀，对孙坚高喊：“孙坚，都说你是条好汉，敢不敢和我单独对战，比比到底谁厉害。”孙坚哪吃这一套，当即也挥舞大刀，直奔黄祖。黄祖和孙坚对了几刀，拨马就跑，孙坚则单人独马紧紧追赶，把兵丁们甩在身后，等追到岘山深处，黄祖埋伏的弓箭手放过黄祖后对着孙坚一阵集团射击，孙坚哪里躲得及，当下就被射成了刺猬一样，可怜身经百战大将军，就这样死掉了。
黄祖一看把孙坚射死了，大感惊喜，真是超出预料，于是也不去召集部队了，带着孙坚的尸体返回了襄阳城，报告了刘表，刘表也是惊喜万分。孙坚的卫队逃回大营，把孙坚身死的消息报告给程普等众将，众将见主帅死了，这仗还怎么打？于是赶紧派人到襄阳城里和刘表联系，表示只要讨回孙坚遗体就收兵。刘表认为这样罢兵言和，避免双方大规模死伤，再好不过了，于是答应了对方要求，把孙坚遗体还给了他们，众将领兵投奔袁术去了。
袁术不但没得到荆州，反而折了孙坚，沮丧和气恼就别提了，不料兖州又出了问题。原来青州境内发生大饥荒，流民四起，太平道黄巾军趁机再起，结为团伙，由于流离失所的农民太多，因而越滚越大，竟然多达数十万人。这些太平道徒不懂得建立政权，吃喝问题全靠劫掠，每到一处就劫掠一空，然后再奔另一个方向。当时公孙瓒发表的刺史田楷和袁绍发表的刺史臧洪正在忙于争夺青州，黄巾军一起，也顾不得争夺了，都转而对付黄巾军。青州黄巾已经把整个青州劫掠得差不多了，再加上田楷、臧洪的打击，无法立足，转而奔向冀州方向，打算去和黑山军会合，但是遭到袁绍拦击，又掉头南下，渡过黄河，来到兖州境内。刘岱一看，顾不得对付曹操了，赶紧集合队伍去对付黄巾军。这时候鲍信正从济北赶来州衙办事，就对刘岱说：“目前贼兵有数十万之众，而咱们百姓惶恐震惊，士兵毫无斗志，不可抵挡，但我看贼人兵眷混杂，前后相随，也没有辎重粮草，只靠抢掠维持生计。如今对策，不如让部队养精蓄锐，采取坚守，贼众想战而不得，想攻又不能，等其气势低落，然后再选拔精锐士卒，就能打败他们了。”刘岱不采纳鲍信的意见，仗着袁术提供的支援，认为兵精粮足，连熟读兵书的曹操都不怕，还怕组织松散的黄巾草寇吗？于是坚持出战，集中主力，正面去和大股黄巾军对垒，不料黄巾军虽然组织松散，但却因为生存危机，非常抱团，一击没有明显奏效，黄巾军就彼此招呼，一股一股全都赶来，黄巾军越聚越多，几乎全部都汇集到了一起，刘岱才有两万多军队，哪里对付得了这么多人，结果被黄巾军打败，他自己也在乱军中被杀了。
整个兖州乱了套了，只剩下曹操据守的东郡和张邈据守的陈留郡比较安宁。这时候，鲍信提出迎接曹操前来代理兖州牧，理由是此时只有曹操才能平定黄巾之乱，别人没这个能力。此时，告别了曹操回到老家东郡的陈宫，因为毕竟做过中牟县令，有一定人脉，又在刘岱的兖州府谋了个职位，当了兖州别驾，也就是州牧助理。陈宫本来因为曹操斩杀吕伯奢全家的事情对他颇有看法，当时离开曹操一方面是黄琬搜捕甚急，另一方面其实这也是原因之一。此时鲍信提出这个建议，陈宫想了想，觉得也只好如此，于是发表意见，表示拥护。鲍信是济北国相，属于地方大员，而陈宫则是州牧助理，众官员见他们二人这样主张，便一致表示赞成。
于是，众官员推举他们二人前往东郡，去请曹操。曹操见到这两位老友，非常高兴，待两人说明来意，曹操更高兴了，还有这样的好事，于是欣然接受了邀请。
此时的曹操，正在忙于经营东郡，这个东郡虽然在曹操治下还算安宁，但是毕竟经过几方厮杀，特别是黑山军和匈奴的劫掠，早已满目疮痍，民不聊生，应该怎样恢复建设呢？曹操发现了一个人才，这个人就是属下的东阿县令枣祗，他在东阿县千辛万苦筹集了资金，招募安置了大批流民，由政府拨给他们土地，并出钱盖房子、配备耕牛、发放种子，按每五十户组成一屯，所得收获使用官牛的官六民四，使用私牛的官民对分。这种做法，和自己在济南国时的做法类似，而且枣祗还有个能干的班子，包括韩浩、任峻、董祀等，因此组织得力，比起自己在济南国搞得还好。于是曹操把东阿县树为典型，要求各县模仿实行，一下子安顿了大批流民，使得东郡在短时间内就得到了恢复。
曹操入主兖州上任后，马上采纳了鲍信的策略，命令各地深沟高磊，依托坚城防守，黄巾军武器装备落后，连攻城的梯子都没有，根本攻不破坚城。又动员老百姓做好坚壁清野，不让黄巾军获得粮食。然后利用自己的精锐部队开始出击。曹操的部队人数并不很多，但训练有素，战斗力强，特别是袁绍一次性送花给他的一千匹战马，使得曹操的部队机动性特别强，他抓住黄巾军行动不便、补给困难的弱点，避免正面冲突，采取对付黑山军和匈奴军总结出来的战法，轻骑突袭，困扰黄巾军，简单说，就是闪电出击，打完就走，不做纠缠，避免大规模决战，不给黄巾军彼此招呼集结聚集的机会。在这种情况下，黄巾军获得粮食非常困难。黄巾军说是军，其实就是一帮流离失所的老百姓，拖家带口，虽有数十万人，却有很多老弱病残，这些老弱病残不但不能打仗，反而还要分散青壮年进行照顾，所以被曹操屡屡得手，黄巾军每次战斗都要吃亏，都要消耗掉一部分兵力。黄巾军感觉兖州兵像脱胎换骨变了样，经过数次战斗，对兖州兵非常恐惧，故而人心惶惶。
为了掌握第一手资料，曹操还多次冒险亲临前线摸情况，亲临敌营进行侦察。曹操很小时候就敢一个人大战鳄鱼，他的胆子是一般人比不了的。
但是大胆和冒险的界限很难分得清，终于有一次身陷险境，付出了惨痛代价。那天，曹操和鲍信一道只带了几十个骑兵，又一次亲临敌营侦探，但是这次不巧，被敌军发现了，上千名黄巾军追踪而来，为了掩护曹操撤退，鲍信亲自率领十几个人殿后，结果陷入包围，最后鲍信战死了。曹操悲伤不已，嚎啕大哭。这是曹操第二次放声大哭，前一次是卫兹阵亡的时候。
黄巾军抢不到给养，越来越困难，整天吃不饱肚子，有些身体虚弱的甚至都被饿死了。正感觉走投无路时，打听到现在主政兖州和他们对垒的是曹操，他们对曹操很熟悉，因为曹操曾在青州境内任济南相，在其执政济南国的时候，大力招抚流民，解决了大批流民的吃饭问题。几个渠帅就凑在一起进行商量，打算跟曹操谈一谈。于是，他们找来个教书先生，给曹操写了一封信，信中说道：“昔在济南，毁坏神坛，其道乃与中黄太乙同。似若知道，今更迷惑。汉行已尽，黄家当立，天之大运，非君才力所能存也。”这些话是的意思是：“你在担任济南相时，曾毁坏无数神坛，这些都不是太平道所信仰的神，你这些做法和我们信仰的中黄太乙似乎是相同的。看来你似乎知道黄天的大道理，但是今天怎么又迷惑了呢？苍天当死、黄天当立，大汉的江山必然为黄天道取代，这是天命，谁也阻挡不了，并不是你个人的才力所能挽回的。”意思是劝说曹操与他们站到一起，共同实现张角的太平天下理想。
曹操接到来信，敏锐地意识到黄巾军感觉形势不利，有和他商量的意思，于是就让陈宫前往去请他们。这项工作不是那么好做的，因为他们担心万一请去后被拘捕杀掉怎么办？陈宫有这个本事，几经往返，终于把他们给请来了。曹操对他们讲了一番自己的道理，意思大致是：不瞒诸位，我曹操研究过《太平青领经》，太平道的道义很有道理，有很多我确实是认同的，我都差一点信奉了太平道。但是诸位想一想，人心不古，个人有个人的小算盘，那种人人平等、互相友爱、处处礼让的境界，有几个人能达到？这种具有极高理想又有能力的干部队伍构建得起来吗？没有一直庞大的干部队伍？能构建起炎黄尧舜时候那样的帝德民淳的社会吗？有多少人贪得无厌，即便不怎么贪婪的人，你让他把自己的财产拿来和大家共享，他愿意吗？因此反对太平道的力量永远存在，实现天下一统的大道毫无可能。与其这样，不如我们退而求其次，在小范围构建一个小和谐，办法都想好了，就是由政府出钱给你们土地、盖房子、配备耕牛、发放种子、按每五十户组成一屯，踏踏实实种庄稼，凭我们这些人的力量，难道挣不来衣食吗？你们之所以沦为流民，不外乎没有地，缺乏生产资料，这些都由政府给你们配备好，你们还发愁什么？不过这些地只能给你们耕种，所有权还属于政府，不准买卖和转租，要不然那些好吃懒做的二混子又把地卖出去或抵押出去，而善于经营的人再形成豪强大地主。这样做，不就实现了如同炎黄尧舜时代的理想了吗？但是话说在前面，这地和房子、耕牛、种子都是政府出的，打下的粮食要分一半给政府，政府拿这些粮食用于养兵保护大家，你们看怎么样？
诸位渠帅经过几年的聚而复散、散而复聚流动作战，大起大落，感觉曹操的话有道理，确实也是为大家规划了一个类似太平道理想的前景，只不过区别是张角要实现整个社会太平道化，而曹操是要在小范围实现。于是众渠帅答应投降曹操。这样，曹操就以有限的兵力，收降了庞大的青州黄巾军。曹操将这里面的青壮年编入军队，一共挑选出十多万人，然后把剩余的几十万交给枣祗、韩浩、任峻、董祀等人，到各郡县安置屯垦，实行军事化管理，每屯设一典农司马，其上是典农都尉、典农校尉、典农中郎将，单线管理，不隶于郡县。其实他们屯田的分成上缴负担是挺大的，也可以说是一种压榨剥削，可是毕竟为一无所有的黄巾流民解决了生存问题，即便这样负担上缴，获得温饱也不成问题，再说太平道的理念就是不尚奢华，追求普普通通的生活，只要大家有饭吃、有房住、有衣穿，而且互相友爱，那就满意了。黄巾渠帅们都被任命当了屯田的官员，所以青州兵成为曹操绝对主力，但却没有青州黄巾出身的将领，曹操把整编的青州兵都交给了夏侯惇、夏侯渊、曹仁、曹洪、李典、乐进这一帮一直追随自己的统带。自此曹操实力大增。
但是曹操深知夏侯惇、夏侯渊、曹仁、曹洪、李典、乐进这些人，领兵打仗都是猛将，但是指望他们治理社会却勉为其难，地盘扩大到一州了，干部队伍急需扩充，于是决定不问亲疏，广招人才。曹操在兖州的一系列做法，赢得了众多有志之士的青睐，荀攸闻讯，首先领着他的叔父荀彧来了。荀攸就不必说了，曾和曹操曾一道供职在何进手下，而荀彧则是当代名士，他和荀攸出身于颍川荀氏，是春秋时代集儒法两道于一身的荀子之后，荀家在荀彧的祖父荀淑那时就知名于当世，号为神君，荀淑有八子，号称八龙。荀彧也在年少时就有才名，被人称为有“王佐之才”。荀彧的父亲荀绲曾任济南相，叔父荀爽是当朝司空。那时候荀绲巴结宦官，让荀彧娶了“五侯”之一唐衡的女儿为妻，这种行为多为名士所不齿，但是荀彧因为才名却并没有被别人的讥议。荀彧举孝廉出身，曾任守宫令（负责掌管皇帝的笔、墨、纸张等物品），董卓废少帝刘辩立献帝刘协后，荀彧像桥玄一样不愿与其为伍，弃官归乡，在乡间对父老们说：“董卓强权而为，士人多有不服，天下即将大乱，颍川是四战之地，如果天下有变，那就会是频繁受到侵扰的地方，应该早离去，不能久留。”但乡人们没有人信他的话。后来荀彧的弟弟荀谌为袁绍说服韩馥让出冀州立了大功，派人来请荀彧，荀彧招呼父老们一道迁往冀州，却无人相随，荀彧只得独自将宗族迁至冀州。到冀州后，袁绍将荀彧待为上宾。但是经过一段时间接触，荀彧感觉袁绍这个人虽精明能干，但比较固执，谋士们的意见只有和他的想法吻合时他才采纳，比如沮授为他所做的战略规划，但是不合他心思的，他就当耳旁风，从不主动征询谋士们的意见，荀彧认为袁绍最终不能成大事，恰赶上曹操招贤，他侄子荀攸招呼他前往应征，荀彧早就听说了曹操在东郡和兖州的作为，特别是对安置黄巾流民的做法，大为称道，当今天下豪杰心思都在你争我夺上，哪有像曹操这样构建社会管理的。于是荀彧离开袁绍，与荀攸欣然赴约。曹操早知道荀彧的才名，见荀彧来投，大悦，说：“这是我的张子房啊！”荀彧马上就向曹操推荐了兖州本地东郡东阿人程昱，曹操当即派人去请，当时程昱正在山村教书，得知是老友荀彧推荐，乃欣然前来，见到荀彧后说：“我孤陋寡闻，不堪担当大任，有个您的同乡郭嘉，那不是当今贤士吗？应该把他请来。”荀彧猛然醒悟，对程昱说：“不是你提醒，我还真把他忘了。”于是两人联名向曹操推荐，曹操马上派人到颍川去请郭嘉，郭嘉听说荀彧和程昱举荐，也欣然前来，到了之后也推荐了一个人，乃是皇室宗亲刘晔，刘晔又推荐本地昌邑人满宠和武城人吕虔，满宠、吕虔两人又推荐了陈留平邱人毛玠，曹操全部派人去恭请。
就这样，自从荀彧、荀攸来归后，一个带一个，带出了一大串。此外，武将也有所增添，鲍信手下的大将军于禁带了一部军队投奔了曹操，还有曹操的同乡沛国谯郡人史涣，也聚集了一帮人马前来投奔。有一天，夏侯惇引来一个人，对曹操说：“这几天我没事出去打猎，遇见一个人拿着一对大铁戟在山涧中跳跃追逐老虎，这家伙也太厉害了，一个人居然敢打老虎，还追得老虎到处跑，因此就带他来见您。”曹操定睛一看，原来是典韦，曹操对典韦在狂风中独自一人擎起几个人都扶不住的大旗印象深刻，非常高兴，就问典韦怎么在山中追老虎。典韦回答说他在张邈军中与别人闹矛盾，喝酒后失手把那人打死了，怕被追究，于是独身逃走。曹操说：“你就是我的恶来呀！”当即解下身上的锦袄，给典韦披上。恶来是商纣王时期的大将，以勇力而闻名，据说能抡动一百多斤的大斧子，这典韦一对铁戟八十多斤，当真堪比恶来。